A diferencia de Scalabrini, que es fundamentalmente un intelectual, tiene vocación política. Así es como encabeza las "300 Boinas Blancas" de F.O.R.J.A. en apoyo al pronunciamiento del 4 de junio de 1943. Busca acercamiento con los dos oficiales jóvenes que aparecen como hombres fuertes del G.O.U., logia nacionalista de creciente influencia a lo largo del crítico año de 1943.

Ellos eran los coroneles Juan D. Perón y Enrique P. González. Jauretche percibe inmediatamente en Perón al "hombre de la revolución"; establece contactos con Amadeo Sabattini tratando de acercarlo a Perón, contactos de los que surge la designación de Santiago del Castillo como interventor en la Coordinación de Transportes. Del Castillo había sido gobernador de Córdoba sucediendo a Sabattini, y era hombre de su mayor confianza.

El acercamiento Perón-Sabattini finalmente no prospera, llevándose a cabo tan sólo una entrevista personal. Jauretche no cejará en su intención de "radicalizar la revolución y revolucionar el radicalismo" y presenta a Perón, a mediados de 1944, un plan para designar un interventor militar de prestigio en la provincia de Buenos Aires, el cual deberá designar intendentes de origen radical. Es designado el general Juan Carlos Sanguinetti, con una línea de acción distinta, lo que motiva un alejamiento temporario entre Jauretche y Perón.

F.O.R.J.A. fue disuelto el 11 de noviembre de 1945. Jauretche fue su último presidente, y luego la mayoría de sus integrantes se incorporaron activamente en apoyo de la candidatura de Perón. Varios prominentes hombres de F.O.R.J.A. pasan a integrar el equipo de colaboradores del coronel Domingo A. Mercante como gobernador de la provincia de Buenos Aires. Jauretche se desempeña como presidente del Banco Provincia entre 1946 y 1950. Con posterioridad no ocupa cargos públicos, manteniendo una actitud crítica hacia la orientación económica del gobierno de Perón a partir del alejamiento de Miguel Miranda en 1949. En 1973 es designado presidente de la editorial universitaria, E.U.D.E.B.A., cargo que desempeñó hasta su muerte, el 25 de mayo de 1974. Caído Perón en 1955, junto con Scalabrini Ortiz son los primeros en rehabilitar la Revolución Justicialista y denunciar el plan oligárquico de la Revolución Libertadora. Comienza entonces una muy valiosa y prolífica tarea de escritor. Mencionemos entre otros ensayos: El Plan Prebisch. Retorno al coloniaje (1955), Ejército y Política (1958), Elmedio pelo en la sociedad argentina (1966), Los profetas del odio y la yapa. La colonización pedagógica (1967), Manual de zonceras argentinas (1968).